La caída del sistema LZB puso en marcha el protocolo que obliga a que los cantones, tramos en los que se separa virtualmente la vía, pasaran de 3 a 25 kilómetros, con la fatalidad de que el AVE quedó dentro de ese fragmento de seguridad. Cuando el Iryo estaba parado y el AVE recibió por error la orden para que circulara con normalidad, deberían haberse puesto en marcha otros sistemas por los que quedaría frenado de manera automática cualquier tren que se aproximara y que pasara las balizas o semáforos en rojo. Sin embargo, el AVE ya había rebasado esas señales y al estar dentro del cantón que ocupaba el Iryo los semáforos estaban en verde. La intención era indicar al tren de la compañía italiana que reanudara la marcha, pero permitió que el AVE se acercara hasta que acabó colisionando.